Minimap2

Minimap2是知名比对工具BWA的开发者Li Heng新开发的比对工具，它能够快速的将DNA或者mRNA序列比对到参考基因组上，使用场景有下面几种：

将PacBio或OXford Nanopore的read和已有参考基因组（如人类）进行比对
寻找高错误率read(15%)之间的overlap
将PacBio Iso-Seq 或Nanopore cDNA或RNA序列比对到参考基因组
将illumina 单端或者双端序列比对到参考基因组
组装之间的比对
临近物种的全基因组比对
最近用Canu的不同参数装了几个版本的基因组，希望比较不同组装之间是否连续，要是在组装结果A里面的是ABCD的排布，在结果B里面却出现了倒置变成了ACBD，那么我就要怀疑人生了。

我仔细看了一下PAF的输出格式，发现输出结果非常友好，但是不可能直接用 read.table或者 data.table::fread读取，所以我就自己写了一个解析函数。同时为了提高我对R语言中grid系统的理解，我又写了一个专门的画图代码